彰化基督教醫院第六任院長，任期 1939 年 5 月至 1941 年 4月。
當時日本政府對待外國宣教師的態度轉趨敵視，彰化教會與彰化基督教醫院，深受影響。臨危授命的林朝乾醫生處境極為艱難。林朝乾醫生繼任院長之後，仍然依循著傳統習慣：每天早晨，為這一天的醫務禱告。當年凡是早上八點之前，參加禮拜的患者，皆可收到一張優待卡，持卡的患者，當天可以扣抵減免四分之一的醫藥費。藉此鼓勵民眾參與禮拜，親近上帝。
在任期間，繼續致力於醫療技術的提昇，同時並重醫務人員的訓練，尤其是護理人員的在職訓練，林朝乾醫生更是親自參與授課。林朝乾院長之時代，醫院診療科目有外科﹑婦產科﹑內科﹑小兒科﹑眼科﹑耳鼻喉科﹑理學治療科（放射線及檢驗科）。　　1940年，日本政府因為二次世界大戰的種種考量，下令驅逐在台所有的外籍宣教師，彰化基督教醫院深受影響，資深的護理主任烈以利姑娘被迫離台，護理人員教育訓練的養成工作，在1940年的艱困時期，即是由林朝乾院長接手培訓。
林朝乾院長在戰亂中接手彰化基督教醫院，完全自給的經營運作，彰化基督教醫院在中部台灣，邁進了大型醫院的重要據點。